Die Acetylierung des Histonschwanzes bewirkt, dass das Chromatin eine "offene" Konformation annimmt und die Zugänglichkeit von Transkriptionsfaktoren für DNA erhöht. Die Identifizierung von Histonaetyltransferasen (HATs) und ihrer großen Multiprotein-Komplexen hat wichtige Erkenntnisse darüber geliefert, wie diese Enzyme die Transkription regulieren.

HAT-Komplexe interagieren mit sequenzspezifischen Aktivatorproteinen, um bestimmte Gene zu targeten. Zusätzlich zu Histonen können HATs nicht-histone Proteine acetylieren, was mehrere Rollen für diese Enzyme nahelegt. Im Gegensatz dazu fördert die Histondeacetylierung eine "geschlossene" Chromatin-Konformation und führt in der Regel zur Repression der Genaktivität.

Menschliche Histondeacetylasen können basierend auf ihrer Ähnlichkeit zu verschiedenen Hefedeacetylasen in drei Klassen eingeteilt werden. Proteine der Klasse I (HDACs 1, 2, 3 und 8) sind mit den Hefeproteinen Rpd3-ähnlich verwandt, diejenige der Klasse II (HDACs 4, 5, 6, 7, 9 und 10) mit Hefeproteinen Hda1-ähnlich, und Proteine der Klasse III sind mit dem Hefeprotein Sir2 verwandt. Inhibitoren der HDAC-Aktivität werden derzeit als potenzielle therapeutische Krebsmittel untersucht.